粪污收集 
目前我国集约化养殖场采用的清粪工艺主要有水冲式、水泡粪和干清粪三种形式。水冲粪和水泡粪都是耗水量大的工艺，排出的污水和粪尿混合在一起，粪便中的大部分可溶性有机物进入到废水中，给废水处理带来很大困难。相对而言，干清粪是比较理想的清粪工艺，日本多采用这种工艺，欧美等国家也已开始采用这种方式。在我国北京、天津、上海等一些地方的养殖场也已经广泛得到应用，并显示出其明显优越性。因此针对畜禽养殖发展迅速、污染排放大的特点，按照《畜禽养殖污染防治工程技术规范》（HJ/T 81）的有关规定，畜禽养殖业污染治理应改变过去的末端治理观念，首先从生产工艺上引入清洁生产的理念，强调污染物减量化，要求新建、改建、扩建的养殖场采用用水量少的干清粪工艺，已建养殖场逐步进行工艺改造实现干清粪；使固体粪污的肥效得以最大限度的保留；同时要求做到畜禽粪污日产日清。并通过建立排水系统，实现雨污分流等手段减少污染物产生和数量，降低污水中的污染物浓度，从而降低处理难度和处理成本。
 
粪污贮存 
为了便于适应土地的季节性利用，处理后的水还田利用的畜禽粪污处理站，在处理前、后根据作物用肥季节宜设置适量的贮存池；此外，当畜禽养殖场废水水量大且集中，而处理设施要求进水量基本恒定时也应考虑设置贮存池。地埋式贮存池的池底应进行防渗处理，以防止对地下水造成二次污染。根据《畜禽养殖业污染防治技术规范》（HJ/T 81）的有关规定，贮存池容积应根据贮存期（贮存时间）确定，种养结合的养殖场，贮存池的总容积应不得低于当地农作物生产用肥的最大间隔时间内本养殖场所产生粪污的总量,确保不外溢造成污染。为了便于粪水从贮存池内排出，一般应配备泵。